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单细胞生物鞭毛虫分植鞭毛亚纲及动鞭毛亚纲。前者虫体通常具有两根鞭毛，后者为一到数根鞭毛。

在许多植鞭毛虫的鞭毛，可向一侧或两侧生出许多平行排列的细丝(称茸毛)，这样生有茸毛的鞭毛一般为主鞭毛，它的作用可能是逆转水的推动力。

鞭毛运动的机制尚不十分清楚，在不同种类其鞭毛的作用方法并不完全相同。早期的理论认为，鞭毛在运动时是螺旋旋转，像推进器一样，推动身体前进，现在知道鞭毛运动更多的是滑动及波动。滑动是鞭毛与附着点呈直角方向在水中甩动，甩动之后是鞭毛的恢复打动。借助于鞭毛甩动使水流的反作用力推动身体前进，并沿身体的纵轴向前旋转前进，或左右摆动前进。波动是鞭毛在一个平面上呈波状摆动。如果波状摆动是由鞭毛的基部向端部发生，则推动身体向后运动。 如果波动是由鞭毛的端部向基部进行，则推动身体向前运动。运动的方向及路线由主鞭毛决定。

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